Idea powstania placówki muzealnej poświęconej Pilicy i jej dorzeczu pojawiła się już ponad dwadzieścia lat temu. Zrodziła się ona w umyśle byłego dyrektora Skansenu Rzeki Pilicy – Andrzeja Kobalczyka. Pomysł zaczął nabierać realnych kształtów dzięki powstaniu w 1995 roku w Piotrkowie Trybunalskim miesięcznika „Piotrkowski Informator Kulturalny”, którego redaktorem naczelnym był Andrzej Kobalczyk. Na łamach czasopisma wiele miejsca poświęcano tematyce regionalnej. Stopniowo wokół redakcji miesięcznika zaczęło gromadzić się grono ludzi szczególnie tą tematyką zainteresowanych. Osoby te postanowiły skierować swoje zainteresowania w stronę Pilicy i przestrzeni kulturowej, jaką ona wytworzyła. W roku 1997 zostało utworzone Stowarzyszenie Przyjaciół Pilicy i Nadpilicza, zrzeszające miłośników tej rzeki i jej dorzecza. Członkowie SPPiN-u postawili sobie następujące cele:

• zapobieżenie degradacji środowiska przyrodniczego dorzecza Pilicy;
• zachowanie bogactwa kulturowego terenów Nadpilicza;
• upowszechnienie wiedzy o Pilicy i Nadpiliczu;
• skupienie społeczności zamieszkującej dorzecze Pilicy wokół regionalnych przedsięwzięć kulturalnych i proekologicznych;
• doprowadzenie do powstania muzeum rzeki Pilicy.

Stowarzyszenie Przyjaciół Pilicy i Nadpilicza nawiązało kontakt z ludźmi zajmującymi się muzealnictwem morskim i rzecznym w Polsce, będącymi autorytetami w tej dziedzinie. Okazali się oni niezwykle pomocni w początkowym okresie działalności Stowarzyszenia. Osoby te doradziły, aby przy tworzeniu placówki muzealnej poświęconej Pilicy odejść od form klasycznego muzeum i stworzyć obiekt żywy i barwny. Wówczas pojawiła się propozycja utworzenia skansenu poświęconego rzece.

Ponieważ pomysł utworzenia placówki muzealnej zajmującej się tematyką pilicką zrodził się przed wielu laty, miłośnicy Pilicy od dawna podejmowali działania z myślą o przyszłym Skansenie Rzeki Pilicy. Stopniowo gromadzone były eksponaty mające znaleźć swe miejsce w nadpilickiej placówce. Najbardziej spektakularne były akcje mające na celu wydobycie z Pilicy pojazdów niemieckich z czasów II wojny światowej. Zostały one zatopione w tej rzece, podczas przeprawy przez rzekę oddziałów niemieckich w styczniu 1945 roku. Przez pierwsze powojenne miesiące poniemiecki sprzęt był penetrowany przez okoliczną ludność. Z czasem piaszczyste dno Pilicy pochłonęło ciężkie pojazdy. Jednak pamięć o nich przetrwała. Co pewien czas podejmowane były bardziej lub mniej skuteczne próby wyciągnięcia wojennego sprzętu z rzeki. Inicjatorem pięciu akcji wydobywczych (wszystkie zakończono sukcesem) był Andrzej Kobalczyk. Jego marzeniem było, aby wyrwane Pilicy militarne zabytki prezentować w placówce poświęconej tej rzece.

W 1999 roku została podjęta piąta próba wyciągnięcia z rzeki kolejnego pojazdu. Była to zarazem pierwsza akcja wydobywcza zorganizowana przez istniejące już wówczas Stowarzyszenie Przyjaciół Pilicy i Nadpilicza i okazała się wyjątkowo szczęśliwa. Choć trwała długo, bo około tygodnia, to jej efektem było wyciągniecie z dna rzeki unikalnego opancerzonego ciągnika artyleryjskiego Luftwaffe, nazywanego obecnie „Lufcikiem”. Wydobycie niemieckich pojazdów z rzeki było pierwszą formą działania mającą na celu ochronę zabytków związanych bezpośrednio z Pilicą, a informacje na ten temat, dzięki mediom, obiegły cały kraj.

Idea powstania Skansenu Rzeki Pilicy propagowana była przez SPPiN również w formie zapoczątkowanego w 1998 roku corocznego Święta Pilicy. Główną atrakcją pierwszych tego typu imprez były próby spławów zrekonstruowanej tratwy. Ta wierna replika zbudowana została na wzór tratew jakimi dawniej spławiali drewno piliccy flisacy zwani lokalnie orylami.

W tym samym czasie rozłożony został i przygotowywany był do odbudowy w nowopowstającej placówce pierwszy obiekt Skansenu – młyn wodny z Kuźnicy Żerechowskiej. Rozpoczęcie odbudowy młyna wiosną 2000 roku (poprzedzone wmurowaniem aktu erekcyjnego w czasie Święta Pilicy w 1999 roku) uznawane jest za początek powstania tego nietypowego muzeum.

Powstanie placówki muzealnej poświęconej rzece Pilicy zbiegło się z planami władz Tomaszowa Mazowieckiego, które postanowiły zwrócić szczególną uwagę na atrakcje turystyczne miasta oraz regionu i je wypromować. Rozwój turystyki miał stać się alternatywą dla upadku przemysłu w tym mieście. Skansen Rzeki Pilicy szybko zyskał aprobatę lokalnych władz i od początku istnienia mógł liczyć na ich pomoc.

Ważnym w historii Skansenu Rzeki Pilicy był rok 2003. Placówka otrzymała środki pieniężne z Kontraktu Wojewódzkiego przeznaczone na dalszą rozbudowę placówki. Dzięki temu zostały zrealizowane następujące zadania:

• dokończono remont niemieckiego transportera z czasów II wojny światowej wydobytego w 1999 roku z Pilicy;
• postawiono metalową wiatę, będącą zaczątkiem działu „Wojenne trofea Pilicy”;
• przeniesiono budynek świetlicy z dawnej kolonii dla dzieci, stojący pierwotnie w pobliskim Wąwale,
• wybudowano drewniane zadaszenie na kolekcję kamieni młyńskich.

Od 19 kwietnia 2005 Skansen Rzeki Pilicy zaczął funkcjonować w nowej formie organizacyjno – prawnej. Placówka podlegała bezpośrednio Urzędowi Miasta w Tomaszowie Mazowieckim jako samorządowa instytucja kultury.

Od 1 stycznia 2016 roku, Skansen Rzeki Pilicy jest filią Miejskiego Centrum Kultury w Tomaszowie Mazowieckim.